Η νέα Hypermotard κινείται από τον νέο δικύλινδρο V2 90° των 890 cc – τον ελαφρύτερο twin που έχει κατασκευάσει ποτέ η Ducati. Με βάρος μόλις 54 κιλά, δηλαδή 6 κιλά λιγότερο από τον προηγούμενο Testastretta 11°, ο κινητήρας αυτός ανοίγει νέο κεφάλαιο στην ιστορία των Ducati δικύλινδρων, θέτοντας νέα πρότυπα σε ελαφρότητα, compact διαστάσεις, κατανάλωση και εκπομπές. Η τόσο compact αρχιτεκτονική του συμβάλλει στη δημιουργία μιας εξαιρετικά στενής και εύκολα διαχειρίσιμης μοτοσυκλέτας, ενώ η ροπή του προσφέρει μια εμπειρία οδήγησης συναρπαστική αλλά ταυτόχρονα απόλυτα ελεγχόμενη.

Ο κινητήρας V2 αποδίδει μέγιστη ισχύ 120 hp στις 10.750 σ.α.λ., προσφέροντας υψηλότερη απόδοση στις ψηλές στροφές σε σχέση με τον Testastretta 11°. Η μέγιστη ροπή φτάνει τα 94 Nm στις 8.250 σ.α.λ., με ιδιαίτερα γεμάτη απόδοση από πολύ χαμηλά. Πάνω από 70% της ροπής είναι διαθέσιμο ήδη από τις 3.000 σ.α.λ., ενώ πάνω από 80% παραμένει διαθέσιμο από τις 4.000 έως τις 11.000 σ.α.λ. — εξασφαλίζοντας άμεση απόκριση σε κάθε άνοιγμα του γκαζιού και μέγιστη χρηστικότητα τόσο στην καθημερινή χρήση όσο και στην πίστα, χάρη και στο σύστημα IVT.

Ο νέος δικύλινδρος Ducati V2 εισάγει το σύστημα IVT (Intake Variable Timing) στις βαλβίδες εισαγωγής, το οποίο μεταβάλλει συνεχώς το χρονισμό ανοίγματος των βαλβίδων. Έτσι εξασφαλίζεται η καλύτερη δυνατή απόδοση, χωρίς κανέναν συμβιβασμό σε ισχύ ή χρηστικότητα: υψηλή δύναμη στις ψηλές στροφές, γεμάτη ροπή στις μεσαίες και χαμηλές, και άμεση, ομαλή απόκριση χάρη στη σταθερότητα της καύσης. Με αυτόν τον τρόπο, εξαλείφεται ο παραδοσιακός συμβιβασμός μεταξύ ροπής χαμηλά και ισχύος ψηλά, δημιουργώντας έναν κινητήρα που προσαρμόζεται άψογα σε κάθε συνθήκη — από χαμηλές ταχύτητες και αστική μετακίνηση, μέχρι δυναμική, σπορ οδήγηση στον ανοιχτό δρόμο.

Με έγκριση Euro 5+, ο κινητήρας Ducati V2 ξεχωρίζει επίσης για τη χαμηλή κατανάλωση και τις περιορισμένες εκπομπές ρύπων. Χάρη στο σύστημα βαλβίδων με ελατήριο επαναφοράς, ο έλεγχος διακένου βαλβίδων προβλέπεται κάθε 45.000 km, ένα διάστημα–ορόσημο για την κατηγορία. Η αλλαγή λαδιών προγραμματίζεται κάθε δύο χρόνια ή 15.000 km.

Για κατόχους άδειας Α2, διατίθεται έκδοση μειωμένης ισχύος 35 kW. Η συγκεκριμένη έκδοση αποδίδει μέγιστη ισχύ 43,5 hp στις 6.250 σ.α.λ. και μέγιστη ροπή 5 kgm στις 5.750 σ.α.λ.