Απλός σχεδιασμός με καθαρές γραμμές που μεταφέρουν δύναμη, χωρίς να θέτουν σε κίνδυνο τον κλασικό μοντέρνο χαρακτήρα μίας Ducati superbike. Η Panigale V2 διαθέτει μονόμπρατσο ψαλίδι, το χαρακτηριστικό και αναγνωρίσιμο κάθε sport Ducati. Η εκτεταμένη αεροδυναμική περιβάλλει τον εκλεπτυσμένο πλαίσιο, αναδεικνύοντας τον συμπαγή κινητήρα Superquadro, μικρότερο σε σύγκριση με τον κινητήρα Desmosedici Stradale.

Το κεντρικό fairing εκτείνεται προς τα επάνω και ενώνεται με το ρεζερβουάρ, ενώ ένα δευτερεύον στρώμα λειτουργεί ως αεραγωγός. Αυτή η λύση "διπλού στρώματος" αναβιώνει τις καθαρές γραμμές που είναι χαρακτηριστικές των sport μοτοσυκλετών Ducati, γνωστές για την αεροδυναμική τους εμφάνιση. Η κάτω πλευρά του fairing συνδέεται οπτικά με την εξάτμιση κάτω από τη μηχανή, το οποίο τελειώνει σε έναν μονό πλευρικό τελικό εξάτμισης.

Στο μπροστινό μέρος κυριαρχούν οι δύο μεγάλες εισαγωγές αέρα, στo πάνω μέρος των οποίων ενσωματώνεται ο κεντρικός προβολέας LED. Οι μπροστινοί αεραγωγοί συγχωνεύονται με τη διάταξη εισαγωγής αέρα μέσω αγωγών που μειώνουν την απώλεια πίεσης, αυξάνοντας έτσι την απόδοση εισαγωγής αέρα. Το φωτιστικό σώμα έχει μειωθεί σε μέγεθος με σκοπό να προσδώσει στις ίδιες τις εισαγωγές - ιδίως όταν η μοτοσυκλέτα είναι ακίνητη - μια πιο απειλητική αίσθηση. 

Η ουρά είναι κατασκευασμένη πάνω σε ένα ατσάλινο υποπλαίσιο επενδεδυμένο με πλαστικά καλύμματα η σχεδίαση της οποίας είναι εμπνευσμένη από αεροτομή αυτοκινήτου. Το πίσω μέρος ενσωματώνει πλήρες φωτιστικό σώμα LED, επίσης σε σχήμα φτερού. Παρόλο που έχει μια ενιαία συναρμολόγηση, το φως έχει δύο διακριτά μέρη σύμφωνα με τον παραδοσιακό σχεδιασμό των sport μοτοσυκλετών Ducati.